增值税专用发票丢失处理办法是：第一步，于发现丢失当日，遗失人应当书面报告税务机关。第二步，登报声明作废。第三步，根据开具罚单或行政处罚意见书进行复印，并提交复印件。

进项发票丢失如何处理

进项发票遗失，如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票发票联复印件留存备查。如果丢失前未认证的，可以将发票底联复印一份后留存备查。已经开具的发票存根联和发票登记簿，应当保存5年。纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，这种情况的增值税发票如果丢失前已认证相符的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的丢失增值税专用发票已报税证明单，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。纳税人发生被盗增值税专用发票和普通发票时，于当日以书面形式报告主管的税务机关，在报刊和电视等传播媒介上公告声明作废，并接受税务机关处罚。丢失、被盗增值税专用发票的，纳税人应该在事发当日以书面形式报告国税机关。